Stefan Trenner wurde am 8. Oktober 1967 in Plattling/Niederbayern geboren, besuchte von 1978 bis 1987 das musische Gymnasium St. Gotthard der Benediktiner in Niederalteich, wo vor allem der langjährige Musikunterricht bis hin zum Leistungskurs bei Dr. Konrad Ruhland für seinen musikalischen Werdegang prägend wurde. Als langjähriges Mitglied der von Ruhland gegründeten „Niederalteicher Scholaren“ wirkte er bei zahlreichen Konzerten und Tonaufnahmen als Sänger und Organist mit.
Von 1987 bis 1994 absolvierte er das Studium der Kirchenmusik und Musikpädagogik an der damaligen Fachakademie für Kirchenmusik und an der Hochschule für Musik in München und schloss mit dem B-Examen bzw. dem Pädagogischen Diplom ab.
Von 1992 bis 2011 wirkte Stefan Trenner als Organist und Chorleiter an der Pfarrkirche St. Michael in Plattling, wo er die von ihm ins Leben gerufene Konzertreihe „Abendmusiken in St. Michael“ durchführte, 1994 bis 2006 war er darüber hinaus als Instrumental- und Musiklehrer am St.-Gotthard-Gymnasium in Niederalteich tätig. Seit 2006 ist er freiberuflicher Instrumentalpädagoge, seit 2011 hauptamtlicher Kirchenmusiker an der katholischen Pfarrkirche St. Magdalena in Plattling. In Deggendorf leitet er seit 1999 den aus der traditionsreichen (z. B. ab 1903 von Vinzenz Goller geleiteten) „Liederkranz“ hervorgegangenen „Chorkreis Deggendorf“ und ist Mitbegründer des Ensemble „Sola Voce Niederaltaich“. Als Organist, Pianist und Cembalist konzertiert er seit seiner Schulzeit sowohl solistisch als auch mit verschiedenen Ensembles
Einen ersten Erfolg als Komponist errang Stefan Trenner bereits während seiner Studienzeit in Regensburg, als er beim Kompositionswettbewerb zum Thema „Credo“ anlässlich des 1250-jährigen Bistumsjubiläums im Jahr 1989 für drei Orgelversetten über das „Credo“ einen zweiten Preis zugesprochen bekam. Im Jahr 2002 beteiligte er sich auf Anregung von Tobias Weber am 2. Louis-Pinck-Kompositionswettbewerb des Saar-Sängerbundes und war dort überragend erfolgreich: bei insgesamt neun vergebenen Preisen erhielt er zwei erste und einen zweiten Preis für seine originellen Bearbeitungen aus der Sammlung Lothringer Volkslieder „Verklingende Weisen“.